在以前，用户把有机肥当化肥来追肥，没能及时盖土，肥料只在土壤表面，不能与土壤充分进行接触，不能起到改良土壤的效果。加上日晒雨淋，有益的微生物不能起作用，养分也会随水流失，有机肥的缓冲能力、疏松土壤、持水透气、保温保肥等功能也都体现不出来。有机肥方式应当配合无机肥作为基肥使用，与土壤进行混合，或者起码要做到有机肥不裸露在土壤表面，如沟施穴施等。有些用户担心肥效不够，或想尽快见效，在使用时把有机肥与作物直接接触，这样会导致烧苗严重会死树。直接使用新鲜粪便中含有大量病菌和寄生虫，直接使用会危害果树。