提高生物有机肥产品质量，主要从菌种选育、工艺优化和开发新产品3 个方面入手。

       在菌种选育方面，应加大对促进根系生长、转化土壤养分、防控土传病害、消减与钝化根际有毒有害物质等特定功能的农业微生物菌种资源的挖掘与利用。另外，为保证产品在加工、运输、储存等过程仍保持较高的生物活性，应加强对抗逆性强的芽孢杆菌属的应用。

       在工艺优化方面，研发与建立不同固体有机废弃物堆肥资源化利用技术与工艺，根据不同来源的废弃物，建立配套工艺与技术，以满足变化多端的有机废弃物资源化利用产业需求。同时，优化工艺参数，进而提高产品质量、缩短生产周期、降低生产成本。

       在开发新产品方面，结合生产实际，加大创新力度。沈其荣教授在2014 山东微生物肥料发展高峰论坛上提到，未来应加强对新型肥料产品——全元生物有机肥的研发生产力度。全元生物有机肥指的是集有机肥、化肥（包括速效化肥、控缓释化肥、稳定性化肥）、生物肥为一体的新型生物有机肥料。简单说，就是含有无机养分、功能菌和有机质3 种养分的肥料。它既可以给当季作物提供足够的养分，还能为土壤中增加有益菌和有机质， 改良土壤中的微生物区系，使得原来有病害的土壤、养分转换慢的土壤，逐渐变成健康的土壤、养分转化快的土壤。未来应加强对新型全元生物有机肥的复配技术与工艺的研发，生产出适合不同土壤、不同作物和不同气候条件的新型全元生物有机肥料产品。