生物有机肥施入土壤后，可以调节土壤中微生物的菌群组成，改变土壤中微生态系统的结构。果园施用生物有机肥后，根区土壤细菌、真菌和放线菌数量显着增加，其中以细菌为主。因为新鲜的有机物质进入土壤后，为微生物提供了新的能量，从而导致微生物种群发生较大的变化。

　　在我国现有的农业和栽培管理体制下，如长期连续栽培、过度依赖化肥、不合理或过量使用农药等，土壤微生物和土壤动物的组成正朝着不良方向发展，不仅有害微生物的数量增加了，而且土壤生物肥力也降低了，这可能值得关注和加强研究，以促进未来的可持续发展。

　　微生物是生物肥力的核心，是共同构成土壤肥力不可缺少的核心成分。人工接种微生物，即施用生物有机肥，是保持和提高土壤肥力的有效手段。

　　减少或减少病虫害的发生

　　生物有机肥可以改善土壤生态环境和土壤微生物区系，对降低病虫害发生率起到更重要的作用。这是因为生物有机肥中含有多种非致病性微生物植物，在微生物的生长繁殖过程中具有竞争性抑制作用，能分泌多种抗生素、杀虫剂和植物生长激素，不仅能抑制微生物的生长活动植物病原体微生物可以防治植物病害，促进作物生长、根系发育，促进叶绿素、蛋白质和核酸的合成，提高作物的抗逆能力。

　　例如，利用畜牧业废弃物资源开发的生物有机肥对番茄青枯病的防治效果显着腐熟的生物有机肥处理青枯病为46%，方差分析表明，施用生物有机肥显着降低了番茄青枯病的发生减少。

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