生物有机肥生产的技术含量相对较高，除了在腐熟过程中要加入促进有机物料腐熟、分解的生物菌剂，以实现定向腐熟、除臭等目的外，在产品中还需要加入具有特定功能的微生物，以提升产品的作用效果。目前，我国从管理上将生物有机肥纳入微生物肥料范畴，实施比有机肥更为严格的管理措施，以促进有机肥的健康发展。 

  　 1.生产工艺 

       在农业部获得登记的生物有机肥生产企业，基本上以从事微生物肥料生产为主，在发酵生产工艺上，多采用槽式堆置发酵法，还有其他的发酵方法，如：平地堆置发酵法、发酵槽发酵法、密封仓式发酵法等在生产中也得到了应用。在发酵腐熟过程中物料的水分、碳氮比、温度等的调节及腐熟剂的使用是生产工艺的关键，特别是菌剂的应用直接影响着物料发酵的周期及腐熟程度。经过腐熟的物料基本实现了产品的无害化，从而也有利于后处理过程中所加入功能菌的存活。 

  　  2.生产技术 

       在发酵物料的后处理方面，大多数企业加入功能菌进行复配、定形，产品剂型以粉尘为主，但也有采用滚筒造粒或挤压造粒的。颗粒产品克服了粉剂产品外观差、层次低的缺点，提高了产品的商品性，但同时也提高了企业的生产成本，并对有效菌的存活产生了一定影响。 

  　  3.菌种种类与使用 

       微生物菌种是生物有机肥料产品的核心，在生产过程中，一般有两个环节涉及到微生物的使用：

       一是在腐熟过程中加入促进物料分解、腐熟兼具除臭功能的腐熟菌剂，其多由复合菌系组成，常见菌种有光合菌、乳酸菌、酵母菌、放线菌、青霉、木霉等；

       二是在物料腐熟后加入的功能菌，一般以同氮菌、溶磷菌、硅酸盐细菌、乳酸菌、假单胞菌、放线菌等为主，在产品中发挥特定的肥料效应。因此，对生物有机肥生产来说，微生物菌种的筛选、使用是一项核心技术，只有掌握了这一项关键技术，才能加快物料的分解、腐熟，以及保证产品的应用效果。 

       4.销售与应用 

       由于生物有机肥相比普通有机肥生产成本较高，主要应用在蔬菜、水果、中草药等高附加值的经济作物上，并取得了较好的效果。

       生物有机肥在改善农产品品质方面发挥着不可替代的作用，但目前生产和销售还存在一定困难，这是因为对农产品并没有完全做到优价，在一定程度上影响了种植户的积极性，使得生物有机肥的推广遇到了较大困难。

       近年来，生物有机肥在一些生态示范区、绿色和有机农产品基地得到了较为广泛的应用，这是生物有机肥今后发展的主要方向。随着绿色有机农产品生产规模的扩大和人们消费水平的提高，生物有机肥的生产应用必是主流。