生物有机肥料因所含微生物的种类不同，所起作用也不同，概括起来有以下几方面作用。

       ⑴固氮作用例如根瘤和固氮菌，它们在适宜环境条件下，可以固定空气中的氮，为作物生长提供氮素营养。据估计，全球每年生物固定的氮素可达10100万吨。

       ⑵养分释放作用微生物把土壤中一些难于被作物吸收利用的物质分解转化为能被作物吸收利用的有效养分。如硅酸盐细菌不仅能分解土壤中钾长石和云母等难分解的矿物，把其中固定的钾释放出来，还能促使土壤中难溶性的磷转化为作物可以利用的形态。

       ⑶促生作用土壤中施入微生物肥料后，不仅增加了土壤中的养分含量，而且促进了各种维生素、酶及其它有利于作物生长物质的合成，剌激作物的生长，协助作物吸收营养。

       ⑷抗病作用土壤中接种有些微生物后，在作物根部大量繁殖，在一段时期内成为作物根际的优势菌，抑制或减少了病原微生物的繁殖机会，有的微生物还会对病原微生物产生抵抗作用。

       微生物肥料虽然能为作物生长提供养分，并刺激和促进作物生长，但它的作用毕竟还是有限的，作物生产中主要还是靠有机肥料和化肥来提供作物生长所需的养分。

       ⑸自然界许多原料中含有很多有益的微生物，但这些原料一旦施入土壤中，其中的微生物会被土壤中无数的微生物吃掉。因而，不能在土壤中稳定成活，其效果也难以表现出来。但是，如果先将有益菌种加到发酵后的发酵有机肥料里，发酵有机肥料本身是扩大培养基，从而使细菌大量增殖。这时再将微生物有机肥料施入土壤中，很快在土壤形成优势种群，对作物的根系能起到良好作用。发酵有机肥料对发挥微生物活性具有良好作用。