发酵菌和功能菌的作用 

作物施用生物有机肥后， 其中的发酵菌和功能菌大量繁殖， 对改良土壤、促进作物生长、减轻作物病害具有显著效果。主要原因在于： 

       1.肥料中的有益微生物会在土壤中大量定殖形成优势种群， 抑制其他有害微生物的生长繁殖，甚至对部分病原微生物产生拮抗作用，以减少其侵染作物根际的机会。 

       2.功能菌发挥功效增进土壤肥力，比如施用含固氮微生物的肥料，可以增加土壤中的氮素来源；施用含解磷、解钾微生物的肥料，其中的微生物可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，以便作物吸收利用。 

       3.肥料中的许多微生物菌种在生长繁殖过程中会产生对作物有益的代谢产物，能够刺激作物生长，增强作物的抗病抗逆能力。 

生理活性物质的作用 

       生物有机肥富含多种生理活性物质，比如维生素、氨基酸、核酸、吲哚乙酸、赤霉素等生理活性物质， 具有刺激作物根系生长、提高作物光合作用的能力，使作物根系发达，生长健壮；比如各种有机酸和酶类，可以分解转化各种复杂的有机物和快速活化土壤养分， 使有效养分增加，供作物吸收利用；比如其中的抗生素类物质，能提高作物的抗病能力。 

有机无机养分的作用 

       生物有机肥中既含有氨基酸、蛋白质、糖、脂肪等有机成分，还含有N、P、K 以及对作物生长有益的中量元素（Ca、Mg、S 等）和微量元素（Fe、Mn、Cu、Zn、Mo 等）。这些养分不仅可以供作物直接吸收利用， 还能有效改善土壤的保肥性、保水性、缓冲性和通气状况等，为作物提供良好的生长环境。