用有机肥生产线工艺生产的微生物有机肥，也是要用有机肥设备对畜禽粪便进行发酵，进行粉碎造粒的过程，在生产中添加入需要的菌剂。生产的微生物肥料又称生物肥料、接种剂或菌肥（bacterialmanure）等，是指以微生物的生命活动为核心，使农作物获得特定的肥料效应的一类肥料制品。微生物肥料和微肥有本质的区别：前者是活的生命，而后者是矿质元素。微生物资源丰富，种类和功能繁多，可以开发成不同功能、不同用途的肥料。而且微生物菌株可以经过人工选育并不断纯化、复壮以提高其活力，特别是随着生物技术的进一步发展，通过基因工程方法获得所需的菌株已成为可能。