有机肥的安全性分为发酵成熟度安全性和含量成分安全性。

　　有机肥发酵分解的安全性：有机肥发酵分解的主要目的是通过微生物发酵将有机肥中含有的小分子有机物氧化消耗掉，防止这些小分子有机物施入后迅速发酵。土壤，消耗土壤氧气，导致植物根系因缺氧而死亡，农民俗称“烧苗”。为防止有机肥烧苗，必须使有机肥完全发酵腐烂，检验指标为腐烂程度。最靠谱的是做叶类蔬菜种子发芽试验，发芽率越高，烂根越大，一般发芽率在80%以上，烂根基本成熟。也是通过检测碳氮(C/N)比来判断的，C/N达到20%以上，基本就烂了。

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