有毒气体危险。分解过程中产生甲烷、氨气等有害气体，对土壤和农作物造成酸害和根部伤害。尤其是棚内，危害更为严重。

　　土壤缺氧。有机质在分解过程中消耗了土壤中的氧气，使土壤暂时处于缺氧状态，会抑制农作物的生长。

　　肥效慢。未发酵腐熟的有机肥中的养分多为有机物或缓效性，不能被作物直接吸收利用。只有分解转化为速效形式，才能被作物吸收利用。因此，直接施用未发酵的有机肥会减慢肥效。

　　成本高如果不经处理直接使用，有机物体积大，有效成分低，运输不便，增加使用成本。

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